西安交通大学生物医学工程专业创建于1978年，是国内首批成立的生物医学工程学科，1978年、1981年开始招收硕士研究生与本科生，1984年获批为博士点学科，1988年获批该领域唯一的国家重点学科，2001、2007年连续评为国家重点学科。1998年获批建立陕西省生物医学工程重点实验室，2000年获批建立生物医学信息工程教育部重点实验室，2011年成为国家特色专业建设点。学科现有实验室面积5500平方米，仪器设备800多台套（价值6500多万元）。近5年来，本学科出版学术教材和专著16部，以通讯单位发表SCI收录论文217篇，科研合同经费8千余万元,“985”“211”重点建设资助5900万元，10项成果获省部级奖，3篇论文获陕西省优秀博士论文奖，4名研究生获国际组织学术奖励，与耶鲁大学、加州大学等开展了合作研究与学生联合培养。

本学科以国家需求为导向，通过建立学术特区以及重点建设，基于发挥传统优势、有益重点突破以及关注深度交叉的理念，形成了医学信息与仪器、生物医学超声、生物医学分析技术与仪器和健康信息学与技术四个主要研究方向。